Bioinformatika
merupakan pengabungan ilmu Biologi dan Teknologi Komputer bertujuan Manajemen
Informasi Biologi. Komputer berfungsi untuk mengumpulkan, menyimpan,
menganalisis dan mengintegrasikan informasi Biologis dan Genetik yang kemudian
dapat diterapkan pada gen berbasis penemuan obat dan perkembangan setiap waktu.
pada kesempatan ini melalui blog yang saya muat berkaitan Budidaya Perairan
terkait dengan Gen atau analisis DNA Kultivan dan Penyakit yang di sebabkan
oleh Virus.
Salah satu
contoh aplikasi yang sering sekali diterapkan adalah penggunaan PCR pada
pendeteksian penyakit pada udang, yang merupakan kultivan ekonomis penting.
Bioinformatika tidak hanya diterapkan dalam aplikasi PCR. Namun yang saya ulas
kali ini meliputi upaya lain dalam penyediaan induk yang baik agar dapat
menghasilkan keturunan atau produk benih yang unggul. Jurnal yang saya coba
ulas kali ini berjudul “Skrining Induk Udang Windu dengan Analisis PCR dalam
Rangka Menunjang Program NSBC ”.
Skrining
dilakukan untuk pemeriksaan terhadap suatu sampel untuk mengetahui
karakteristik tertentu atau penyakit tertentu sehingga sampel objek dapat
diperkirakan mengidap atau tidak mengidap penyakit. Hal tersebut dilakukan
dalam upaya pengendalian penyakit. Seperti yang kita ketahui, dalam
budidaya udang identik dengan serangan WSSV . Sehingga
pada jurnal tersebut diterapkan budidaya udang secara tertutup untuk memutus
siklus hidup virus, dan menggunakan benih SPF (Specifis
Pathogen Free ). Dalam penelitian ini BBPBAP Jepara sebagai UPT
dipilih sebagai sentra pembenihan udang secara nasional. dan untuk mendapatkan
benih yang sehat atau bebas virus dilakukan skrining dimulai dari induk. metode
yang digunakan pengambilan sampel hemolimfe dari udang yang baru datang (sampel
diambil dari beberapa lokasi :NAD, Pangadaran dan NTB) sebanyak 2 ml per
individu dengan menggunakan nested PCR. Tahapan yang dilakukan meliputi
:1.Preparasi DNA dengan fenol (standart OIE 2003, chapter 4.1.2);
2. preparasi untuk amplifikasi PCR ; 3. elektroforesis. Hasil yang didapat
adalah sampel udang windu NAD paling sedikit terdeteksi WSSV, dibandingkan
dengan sampel dari daerah lainnya. jadi untuk induk yang baik dengan SPF, dapat
digunakan induk yang berasal dari NAD, karena ketahanan terhadap virus relatif
lebih baik. untuk prosedur secara lengkap dapat dilihat pada http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/71084652.pdf .
sumber:
0 komentar:
Posting Komentar